Pada tahun 2048, umat manusia dipaksa meninggalkan Bumi setelah puluhan tahun kalah melawan Godzilla dan monster raksasa lainnya. Mereka melakukan perjalanan dua puluh tahun ke planet lain yang disebut Tau Ceti-e, tetapi pada saat kedatangan, mereka menemukan bahwa planet tersebut telah menjadi tidak dapat dihuni. Ketika kondisi kehidupan di kapal mereka memburuk, seorang pemuda bernama Haruo mempelopori gerakan untuk kembali ke Bumi dan mengambilnya kembali dari para monster. Kapal berhasil melakukan perjalanan kembali, tetapi kru menyadari bahwa dua puluh ribu tahun telah berlalu, dengan ekosistem Bumi telah berevolusi menjadi berpusat di sekitar Godzilla.
