Setelah pembantaian kejam keluarganya oleh tentara bayaran dingin Sub-Zero, Hanzo Hasashi diasingkan ke Netherrealm yang menyiksa. Di sana, sebagai imbalan atas perbudakannya kepada Quan Chi yang jahat, dia diberi kesempatan untuk membalas dendam keluarganya – dan dibangkitkan sebagai Scorpion, jiwa yang hilang bertekad membalas dendam. Kembali ke Earthrealm, Lord Raiden mengumpulkan tim prajurit elit – biksu Shaolin Liu Kang, perwira Pasukan Khusus Sonya Blade dan bintang aksi Johnny Cage – kelompok pahlawan yang tidak mungkin dengan satu peluang untuk menyelamatkan umat manusia. Untuk melakukan ini, mereka harus mengalahkan gerombolan gladiator Outworld Shang Tsung dan memerintah atas turnamen Mortal Kombat.
