Menyusul penulisan ulang Madoka tentang alam semesta, mengorbankan dirinya dan hari-hari normalnya yang bahagia untuk menyelamatkan semua gadis penyihir dari nasib kejam yang menanti mereka dengan menyapu para penyihir agar tidak ada, keputusasaan masih bermanifestasi menjadi makhluk yang dikenal sebagai mimpi buruk. Gadis ajaib Homura Akemi terus bertarung sendirian dengan harapan bahwa dia akan dapat melihat Madoka tersenyum lagi.
